جعل الصليبيون بيت المقدس سنة 1599م عندما احتلوه قسما منه كنيسة، واتخذوا القسم الآخر مسكنا لفرسان الهيكل، ومستودعا لذخائرهم، ولكن صلاح الدين الأيوبي عندما استرد القدس الشريف منهم، أمر بإصلاح المسجد وجدد محرابه، وكسا قبته بالفسيفساء، ووضع منبراً مرصعاً بالعاج مصنوع من خشب الأرز والأبنوس على يمين المحراب، وبقى حتى تاريخ 21/8/1969م، وهو التاريخ الذي تم فيه إحراق المسجد الأقصى من قبل يهودي يدعى "روهان"، وبلغ الجزء المحترق من المسجد 1500م،أي ثلث مساحة المسجد الإجمالية.
أبواب المسجد الأقصى:
1- باب الأسباط:- يقع في الزاوية الشمالية للمسجد الأقصى المبارك من جهة الشرق، ويدعى باسم آخر هو "ستي مريم".
2- باب حطة:- يقع في الحائط الشمالي من سور المسجد بين مئذنة باب الأسباط وباب فيصل.
3- باب الملك فيصل:- يقع غربي باب حطة في السور الشمالي للمسجد، ويدعى بأسماء أخرى هي باب شرف الأنبياء، باب الداوودية وباب العتمة.
4- باب الغوانمة:- يقع في نهاية الجهة الغربية من الناحية الشمالية للمسجد الأقصى، ويدعى أيضا باب الخليل.
5- باب الناظر:- يقع في الحائط الغربي من المسجد الأقصى باتجاه الشمال، وعرف بأسماء أخرى هي: باب الحبس، باب المجلس، باب ميكائيل، باب علاء الدين البصيري، باب الرباط المنصوري.
6- باب الحديد:- يقع في السور الغربي للمسجد الأقصى، بين باب القطانين وباب الناظر.
7- باب القطانين:- يقع في السور الغربي بين باب الحديد، وباب المطهرة.
8- باب المطهرة:- يقع في السور الغربي، جنوبي باب القطانين، ويدعى أيضا باب المتوضأ.
9- باب السلسلة:- يقع في الحائط الغربي للمسجد الأقصى، ويدعى أيضا باب داوود، أو باب الملك داوود.
10- باب المغاربة:- يقع في السور الغربي من الناحية الجنوبية، وعرف بأسماء أخرى، هي باب حارة المغاربة، باب النبي، وباب البراق.
وللمسجد الأقصى أربعة أبواب مغلقة:
1- باب التوبة:- يقع في السور الشرقي.
2- باب الرحمة:- يقع في السور الشرقي.
3- باب السكينة:- يقع في الحائط الغربي للحرم.
4- باب البراق:- يقع في الحائط الغربي للحرم.
النوافذ عددها 137 نافذة كبيرة من الزجاج الملون.
قباب الأقصى:
يوجد في ساحة الحرم الشريف عدة قباب فضلاً عن قبة الصخرة المشرفة، تم تعميرها في الفترات الإسلامية، الأيوبية والمملوكية والعثمانية؛ لتكون مراكز للتدريس أو للعبادة والاعتكاف، أو تخليداً لذكرى حدث معين. وقد انتشرت هذه القباب في صحن قبة الصخرة وساحة الحرم الشريف وهي:
1- قبة الصخرة:
بنيت قبة الصخرة في قلب الحرم القدسي الشريف، في الجهة الشمالية، قبالة المسجد الأقصى المبارك، فوق الصخرة التي عرج منها الرسول محمد (ص) إلى السموات العلى.
2- قبة الأرواح:
تقع إلى الشمال من قبة الصخرة بالحرم الشريف، وتعود إلى القرن العاشر الهجري، ولعلها سميت بذلك لقربها من المغارة المعروفة باسم مغارة الأرواح. تتكون القبة من بناء قوامه ثمانية أعمدة رخامية، يقوم عليها ثمانية عقود مدببة.
3- قبة موسى:
أنشأها الصالح أيوب سنة 647 هـ / 1249 ـ 1250م كما ظهر في أحد نقوشها. وتتكون من غرفة مربعة تعلوها قبة، ويوجد فيها عدد من المحاريب بالداخل والخارج، وللقبة مدخل شمالي.
4- قبة الخضر:
تقع بالقرب من الرواق المؤدي إلى صحن قبة الصخرة، يرجح أنها أُنشئت في القرن العاشر الهجري. وهي قبة صغيرة مرفوعة على ستة أعمدة من الرخام، فيها زاوية تسمى زاوية الخضر، تتكون من ستة أعمدة رخامية جميلة، فوقها ستة عقود حجرية مدببة.
5- قبة السلسلة:
تقع في ساحة الحرم القدسي الشريف، يقال أن الخليفة عبد الملك بن مروان بناها لتكون بيتاً للمال.
6- قبة المعراج:
أنشأها عام 795هـ 1021م الأمير عز الدين أبو عمرو عثمان الزنجلي، متولي القدس الشريف. والقبة عبارة عن بناء مثمن الشكل، يقوم على ثلاثين عموداً، جدرانه مغطاة بألواح من الرخام الأبيض، والقبة مغطاة بصفائح من الرصاص. تقع القبة في الجهة الشمالية الغربية من قبة الصخرة المشرفة، بنيت كتذكار لعروج النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ إلى السماء.
7- قبة سليمان:
تقع في ساحة الحرم، بالقرب من باب شرف الأنبياء (باب الملك فيصل)، وهي عبارة عن بناء مثمن، بداخله صخرة ثابتة، ويذكر بعض المؤرخين أن القبة من بناء الأمويين، إلا أن طراز البناء لا يشير إلى ذلك، بل يدل على أنه يرجع إلى أوائل القرن السابع الهجري.
8- قبة يوسف:
تقع بين المدرسة النحوية، ومنبر برهان الدين، جنوبي الصخرة المشرفة، وهي عبارة عن مصلى صغير. أنشأها علي آغا سنة 2901هـ 1861م. ويقال إنها أنشئت في عهد السلطان صلاح الدين الأيوبي، عام 785هـ 1911م، وإن علي آغا جددها فقط في العصر العثماني.
تتكون هذه القبة من بناء مربع، طول ضلعه متران، تعلوه قبة محمولة من الأمام، وهي مفتوحة البناء من جميع جهاتها باستثناء الواجهة الجنوبية، وهناك قبة أخرى بهذا الاسم بين المسجد الأقصى وجامع المغاربة.
9- قبة النبي:
تقع شمال غربي قبة الصخرة، بينها وبين قبة المعراج. ويرجع تاريخ إنشاء قبة النبي التي تسمى أيضا محراب النبي إلى سنة 945هـ، حيث أنشأها صاحب لواء غزة والقدس محمد شاكر بك ـ كما أثبت نقشٌ فوق الأثر. وتقوم القبة على ثمانية أعمدة رخامية، تعلوها ثمانية عقود مدببة.
10- القبة النحوية:
تقوم هذه القبة في الزاوية الجنوبية الغربية لصحن قبة الصخرة المشرفة، وقد تم تعميرها في الفترة الأيوبية، في عهد السلطان الملك المعظم عيسى في سنة 604 هـ؛ خصيصاً لتكون مقراً لتعليم علوم اللغة العربية.
11- قبة الشيخ الخليلي:
تقع هذه القبة في الزاوية الشمالية الغربية لصحن قبة الصخرة المشرفة، تم إنشاؤها في الفترة العثمانية في سنة 1112 هـ/ 1700م. ويتألف مبنى القبة من غرفة مستطيلة الشكل، يدخل إليها من خلال مدخلها الواقع في جدارها الشرقي، وفي داخلها كهف أقيم فيه محراب. وقد استخدمت هذه القبة داراً للعبادة والتصوف، حيث اتخذها الشيخ الخليلي مقراً له لتعليم الأوراد (الأدعية الصوفية) والاعتكاف.
12- قبة أو إيوان العشاق:
تقع هذه القبة مقابل باب العتم (إلى الجنوب الشرقي منه)، في الجهة الشمالية لساحة الحرم الشريف، وقد تم إنشاء هذا الإيوان، الذي عرف لاحقاً بالقبة، في الفترة العثمانية، في عهد السلطان محمود الثاني سنة 1233 هـ، وذلك وفق ما ورد في النقش التذكاري الموجود في واجهته الشمالية، وعلى ما يبدو أن هذا المكان كان ملتقى للصوفيين والزهاد والذين عرفوا بعشاق النبي عليه السلام، حتى أصبحت تعرف بقبة عشاق النبي.
13- قبة يوسف آغا:
تقع هذه القبة في الجهة الجنوبية الغربية لساحة الحرم الشريف، بين المتحف الإسلامي والمسجد الأقصى المبارك، تم بناؤها في الفترة العثمانية، في عهد السلطان محمود الرابع، على يد والي القدس، يوسف آغا في سنة 1092 هـ، وذلك حسب ما ورد في النقشين الموجودين في واجهتها.